市一现有12个医技科室；除上海市器官移植临床医学中心外，还设有上海市器官移植研究中心，上海市眼科研究所，上海市眼底病重点实验室，上海市麻醉质量控制中心等市级研究机构。临床科室中，现有眼科、泌尿外科、麻醉科三个上海市领先学科，中医科被列为上海市卫生局重点学科建设项目。心血管外科市内领先，此外普外科、消化科、血液科、放射科、肾内科、耳鼻喉－头颈外科、妇科、分子生物学科在市内也处于颇具竞争的地位。

     与上医大建立教学协作关系后，市一每年接受40名本科生在医院进行为期二年半的学习和临床实习，同时，自1987年以来市一的24名博士生导师、29名硕士生导师共为上医培养了医学博士206名、医学硕士128名，七年制硕士52名。

     在各级领导地重视下，市一地科研有了进一步发展的空间，经过一系列人员及机构的调整和经费的投入，1980年至1994年有49个课题成果获得60个市级以上奖项，其中国家奖7项，部（委）级奖8项。

     1996年到2003年近8年间，一院取得国家自然科学基金课题为22个。特别是2000年至2003年，全院获准立题的局级以上课题128项，其中国家级课题12项，市（省）级课题41项，共计得科研经费1259万元。同期获奖项目有：国家级科技进步二等奖，全军后勤系统军队科技进步一等奖，上海市科技进步三等奖，上海医学科技二等奖，上海医学科技三等奖，黄倩教授获“第七届上海市科技精英”，泌尿科夏术阶教授获“吴阶平泌尿外科医学奖”。

     科研水平还反映在发表的论文数量和质量得提高上，20世纪50－60年代，每年发表科研论文9－11篇，80年代后每年平均发表科研论文83篇，1995－1999年累计发表论文1679篇，年均336篇，2000－2003年发表在各类专业杂志上得论文数量增至2100篇，其中SCI收录50篇，根据中国科学技术信息研究所发布的统计结果显示，在全国医疗机构发表的SCI收录论文数量排序中，2000年全国第11位，2001年全国第9位（上海市第3位）。

     自1998年起，在市一经上海市卫生局批准正式挂牌的研究机构（所、室）共有13个。泌尿科、眼科分别以各自得优势获得签约上海市临床医学中心建设计划，上海市器官移植临床医学中心和上海市视觉复明临床医学中心得以在市一挂牌。