仪器设备科是医疗器械采购的职能主体，医疗设备管理委员会是医疗器械采购的专家咨询机构，院长是决策者。这样的组织设计看似是合理的，但在实际运行中却存在一些问题:首先申请采购的科室经常左右产品的选择，他们利用自己的专业知识和学术地位向设备科施加压力;而设备科并不象许多专家认为的那样，被人们当作对医院的战略起重要影响作用的部门，因此出现临床要什么公司的产品设备科就得买什么产品，设备科在被动的局面下开展工作。医疗设备管理委员会的专家咨询职能未能很好发挥，从4所军医大学的9所附属医院的情况来看，医疗设备管理委员会每年平均召集2次，主要用于医院年度采购计划的讨论。除非特大型医疗设备，医疗设备管理委员会几乎没有机会参与购置工作。医院领导偏重医院发展方向等战略性问题，亦没有精力也不可能参与到具体的采购活动中去。这样就造成某一临床学科带头人主导采购的局面，供货商也更重视去做临床专家的工作，在这种个人主导采购框架下，医院就难以获得供货商比较有竞争力的价格。

医院医疗器械的采购制度目前尚无权威的统一的规定，地方医院依据的是国家卫生部1996年下发的“医疗卫生机构仪器设备管理办法”，军队医院依据的是总后勤部 1995年下发的“军队医院医疗设备管理规定”，这两个规定主要针对医疗设备的管理，涉及到采购方面的内容很少，而且是定位在宏观层面上，对医院的具体情况针对性不强。医疗耗材的采购更是无章可循，各个医院各行其是，采购的过程很难得到有效控制。近年来有些医院已意识到这方面的漏洞，并试图通过招标采购加以改善，但由于缺乏制度保证，招标采购的随意性很大。

不论是国家、军队、地方还是医院都没有考核采购绩效的办法。医疗器械采购的从业者缺乏激励，干好干坏一个样，能力高低看不出，采购成效主要凭一个人的职业道德，采购部门和人员所付出艰苦的努力和对医院所做的贡献也往往被忽视。医院在采购人员的安置上也缺乏重视，认为花钱买东西谁都会，致使医疗器械采购从业者的素质良莠不齐。